＜국문초록＞

본고는 2016년 12월 20일 ｢소득세법｣ 개정 이후 주택정비사업 시행으로 발생하는 조합원입주권에 대한 양도소득세 과세체계의 문제점을 검토하고, 조합원입주권 양도소득에 대한 비과세 및 장기보유특별공제 적용과 관련된 개선방안 도출을 목적으로 한다.

조합원입주권은 ｢소득세법｣상 ‘부동산’이 아닌 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리’에 해당함에도 불구하고 기존주택과의 견련성 및 조세형평성 관점에서 양도소득 비과세 규정 및 장기보유특별공제규정 적용 시 주택으로 간주되어 왔다. 관련 내용은 당초 ｢소득세법 시행령｣에 규정되어 있었으나, 2016년 12월 20일 ｢소득세법｣ 개정을 통해 법률로 이관되면서 규정 운영에 안정성을 확보하였다.

그러나 이 과정에서 조합원입주권과 주택이 병렬적으로 규정됨에 따라 종전과는 달리 1세대 1주택 비과세를 적용함에 있어 대체취득 외의 특례규정은 적용받지 못하고, 장기보유특별공제를 적용함에 있어서도 1세대 1주택에 적용되는 고율의 장기보유특별공제가 아닌 일반 장기보유특별공제만을 적용받는 불이익이 발생하고 있다. 이는 동일한 경제적 실질을 가지는 납세자 간에 조세 부담의 왜곡을 초래하여 조세중립성 및 조세형평성을 훼손하는 결과를 가져온다.

이에 본고에서는 원조합원의 조합원입주권 양도소득에 대해서도 ｢소득세법 시행령｣ 제156조의2에서 규정하는 1세대 1주택 및 1조합원입주권 등을 보유한 세대의 ‘주택’ 양도소득에 대한 비과세 특례규정에서 정하고 있는 사유(예：동거봉양, 상속)를 적용하고, 1세대 1주택과 유사한 조합원입주권 양도소득에 대해서는 1세대 1주택에 적용되는 고율의 장기보유특별공제가 적용되도록 관련 규정을 정비할 것을 제언하였다. 이를 통해 조합원입주권 양도소득과 주택 양도소득간의 과세 형평성 제고와 입법취지 회복을 도모할 수 있을 것으로 기대된다.

▶ 주제어：조합원입주권, 1세대 1주택, 양도소득 비과세, 장기보유특별공제, 1세대 2주택 특례

＜Abstract＞

This study investigates the structural issues embedded in the current capital gains taxation regime applicable to the right to acquire a house as an association member (hereinafter “association member’s right”) following the amendment of the Income Tax Act on December 20, 2016. The objective is to propose legislative improvements concerning the application of capital gains tax exemptions and long-term holding special deductions (LTSD) to such rights.

Although the association member’s right is classified under the Income Tax Act not as real property but as a right to acquire real property, it has long been treated as equivalent to a house for purposes of tax exemption and LTSD, owing to its functional continuity with the original house and the need to uphold horizontal tax equity. Initially prescribed in the Enforcement Decree of the Income Tax Act, these provisions were elevated to the statutory level through the amendment of December 20, 2016, thereby enhancing regulatory stability.

Following this amendment, however, the association member’s right and houses came to be regulated in a parallel structure, rather than an integrated one. This shift has generated unintended disadvantages for taxpayers：unlike the previous regime, the current framework excludes these rights from special exemption provisions—aside from those for alternative acquisitions—when applying the one-household-one-house exemption. Furthermore, in the application of the LTSD, taxpayers are restricted to general deduction rates rather than the high rates afforded to one-household-one-house transfers. Such discrepancies have resulted in distortions in tax burdens among taxpayers situated in economically equivalent circumstances, thereby compromising the principles of tax neutrality and fairness.

In response, this paper argues that the grounds for tax exemption under Article 156-2 of the Enforcement Decree—currently applicable to capital gains arising from the transfer of a house held by a household owning one house plus one association member's right—should likewise extend to capital gains realized from the transfer of the association member’s right. Moreover, the paper recommends revising the statutory framework to allow the application of the high-rate LTSD to capital gains from association member’s rights that are substantively analogous to a one-household-one-house situation. Such reforms would promote tax equity between the association member’s rights and houses and would more faithfully align the tax regime with its underlying legislative intent while enhancing legal certainty.

▶ Key Words：right to acquire a house as an association member, one-household-one-house, capital gains tax exemption, long-term special deduction(LTSD), one-household-two-house special provisions