과점주주 간주취득세는 주주의 유한책임 원칙과 조세형평성 문제를 야기하는 제도이다. 주주는 출자한 금액만큼의 책임을 지는 것이 원칙이지만, 과점주주 간주취득세는 주식 보유 자체를 조세 부담으로 연결하여 추가적인 취득세를 부담한다. 지금까지 헌법재판소와 대법원은 과점주주가 법인의 주요 의사결정에 실질적인 영향력을 행사할 수 있기 때문에 실질과세원칙에 따라 취득세 부과가 정당하다고 판결했지만, 학계에서는 여전히 이중과세 및 조세형평성 문제를 지적하고 있다. 그러나 꾸준히 문제점 및 개선방안을 제시해 왔지만 본 연구에서는 현 제도를 유지하되, 납세자에게 피해가 최소화 되도록 실행가능한 방안을 제시하였다.

주요 연구 결과는 다음과 같다.

첫째, 과점주주 연대납부의무 범위 조정을 통해 제2차 납세의무의 과점주주처럼 주식비율 또는 지분에 상응하는 세액을 한도로 취득세를 부담하거나 소수 지분 비율 이하의 주주는 간주취득세를 면제하는 방식의 개편이 필요하다.

둘째, 비상장법인도 외부 감사법인에 한해 상장법인에 준하여 법인의 지배 및 그에 따른 조세회피 등을 방지하기 위한 제도적 장치를 두고 자산 지배력이 강화되면 간주취득세는 제외하여야 하며, 상장법인과 비상장법인의 차별성을 최소화하여야 한다.

셋째, 특수관계인의 범위를 실질적으로 법인을 지배하는 주주에게만 과세하는 방식으로 개편하는 것이 바람직하다.

넷째, 해외 사례와 비교해 볼 때 우리나라 과점주주의 비율이 낮으므로 이를 높이는 방안과 과점주주 지분 변동에 대해서는 감면 규정을 마련되어야 한다.

본 연구에서 과점주주 간주취득세는 법적․제도적 문제로 인해 현실적 개선 가능한 부분을 제언했고, 특히 이중과세 문제 해결과 과세 형평성 확보가 핵심 과제인 만큼 과점주주 간주취득세 제도가 자의적인 해석과 과도한 조세부담에 의해 납세자의 재산권을 침해할 수 있어 본 제도를 유지하되, 그 설계 및 운용에 따라 위헌성 소지가 있음을 인정하고 조세형평성을 강화하면서도 기업 활동을 저해하지 않는 정책 운영 방향으로 목표를 달성할 수 있음을 시사한다.

▶ 주제어：조세제도, 과점주주, 간주취득세, 실질과세원칙, 이중과세, 조세형평성, 조세법률주의, 연대납세의무, 특수관계인, 의결권 주식

＜Abstract＞

The deemed acquisition tax on oligopolistic shareholders raises significant concerns regarding the principle of limited liability and tax equity. While shareholders are generally liable only to the extent of their capital contribution, this tax imposes an additional burden by linking mere shareholding to acquisition tax liability. Although the Constitutional Court and the Supreme Court of Korea have upheld the legitimacy of such taxation under the principle of substantial taxation on the grounds that oligopolistic shareholders can exert substantial influence over a corporation’s key decisions scholars continue to criticize the system for issues of double taxation and fairness. Despite ongoing discussions and proposals for reform, this study aims to suggest feasible measures that minimize the burden on taxpayers while maintaining the current system.

The main findings are as follows. First, it is necessary to adjust the scope of joint tax liability for oligopolistic shareholders so that, similar to the secondary tax liability system, they are charged acquisition tax only up to the extent of their shareholding ratio, or exempt minority shareholders below a certain threshold from deemed acquisition tax. Second, even for non-listed corporations, institutional safeguards equivalent to those of listed companies should be established particularly for those subject to external audits to prevent tax avoidance and excessive concentration of control；in such cases, deemed acquisition tax should be excluded, thereby reducing the disparity between listed and non-listed corporations. Third, the definition of related parties should be restructured so that taxation applies only to shareholders with substantial control over the corporation. Fourth, given that the threshold for oligopolistic shareholding in Korea is relatively low compared to foreign cases, it is necessary both to raise this threshold and to introduce relief provisions for changes in shareholding ratios.

This study highlights the legal and institutional challenges of the deemed acquisition tax and presents practical suggestions for improvement. In particular, resolving the problem of double taxation and securing tax equity are identified as key policy objectives. Since arbitrary interpretations and excessive burdens may infringe upon taxpayers’ property rights, this paper concludes that while the system should be retained, its design and implementation must acknowledge potential constitutional concerns and be refined to strengthen tax equity without unduly hindering corporate activities.